顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年，公元1367年，他秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。
就在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，并在至正二十七年，公元1367年十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。
至正二十八年，公元1368年正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。
明军高歌猛进，势不可挡，到至正二十八年，公元1368年闰七月时，元顺帝才意识到内斗只会让朱元璋坐收渔利，当下与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。
至正二十八年，公元1368年闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。二十七日，顺帝命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，自己则做好逃难的准备。二十八日，顺帝驾临大都清宁殿，召见众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。
知枢密院事哈剌章，也就是脱脱的儿子，他力谏不可。
元顺帝说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也？”
宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城！”
元顺帝叹息说：“今日岂可复作徽、钦！”
他到了这天夜里，大都健德门开，与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。
元顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。
八月十五日，元顺帝一行终于抵达上都。
此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。
元朝在中原统治结束，北元开始。
元顺帝在北逃时感慨道：“朕不出京师，安知外事如此！”到上都后又“昼夜焦劳，召见省臣或至夜分”“召见群臣，询恢复之计”，颇有重新振作的姿态。
这时，哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援，得到顺帝同意。
扩廓帖木儿不负顺帝希望，于至正二十八年，公元1368年十月初，在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。
远顺帝被这一胜利冲昏头脑，封扩廓帖木儿为齐王，并命令他挥师收复大都。然而，明军趁机偷袭，扩廓帖木儿大败，仅以十八骑逃走。
此后顺帝再度消沉，身体每况愈下，至正二十九年，公元1369年元旦朝贺时，他就托病不出。
此后经常因病缀朝。
这时，元军连战连败。
至正二十九年，公元1369年六月十三日，元顺帝又弃上都奔应昌，其间许多大臣进谏速奔和林，但由于阿鲁辉帖木儿事件的阴影，顺帝都没采纳。
至正三十年，公元1370年，元顺帝病重，由皇太子爱猷识理达腊总军国诸事。
同年四月二十八日，顺帝因痢疾驾崩于应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。
他死后庙号惠宗，朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了“顺帝”的尊号。