明军在曲靖击败司徒平章达里麻所将领精兵十余万，俘二万，后直取昆明。
梁王见大势已去带着妻、子一同投滇池自杀。
左丞达的、右丞驴儿均自杀。
蓝玉、沐英相继攻取大理等地，平定云南。
天元二年，公元1381年，纳哈出率二十万元军驻扎金山一带，始终没有受到很大的军事冲击。
这支强大的势力，成了明朝攻打北元时的掣肘之患。
天元九年，公元1387年，朱元璋以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉等率兵二十万出征东北，明军步步为营，修筑宽河、会州、富峪、大宁四座城，用以存积粮草。随后，大军直趋金山。
明军压境，纳哈出深感不安。
这时，明军派来了使者，劝他投降。不久，纳哈出的部将全国公观童向明称臣。
纳哈出经过一番犹豫动摇，最后决定投降了。
他二十万部众，除一些逃散的之外，都作了俘虏，其中仅官员将校就有三千三百多人。
纳哈出被朱元璋封为海西侯。
自此，辽东尽属明有，漠北与高丽的联系亦被阻绝。
纳哈出率部投降，使形势发生了巨大的变化，让朱元璋觉得是时候灭了北元了！
他立即命蓝玉为大将军，征讨下一个更主要的目标——元昭宗爱猷识理达腊的之子脱古思帖木儿。
他认为"肃清沙漠，在此一举"，因此要求蓝玉勿失时机，必取成功。
天元十年，公元1388年三月，蓝玉率师十五万北进。
四月，到捕鱼儿海，距离脱古思帖木儿营地不过百余里路程。
脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。
而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。
这时，明朝兵马的突然出现，使得脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗。他的手下太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。
脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向，行至土剌河一带，为其部将也速迭儿所缢杀，捏怯来、失烈门南下，投降明朝。
经此一役，乌萨哈尔汗的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。
这一战，也成就了蓝玉的丰功伟绩，成为了名将。
这一战，也使得了成吉思汗家族，丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，不再成为皇族，因为，大多数蒙古部落宣布脱离成吉思汗家族而独立。
布里牙特·乌格齐在公元1402年杀死元昭宗爱猷识理达腊的儿子尼古埒苏克齐汗孛儿只斤·额勒伯克。之后，布里牙特·乌格齐立尼古埒苏克齐汗之子孛儿只斤·坤帖木儿继位，北元江山易主。
之后，蒙古建立起来的国家，不再是元朝，而是鞑靼和瓦剌，它们也成了困扰明朝多年的后患。