同年四月，曹太皇太后（慈圣皇后）、高太后（宣仁皇后高滔滔）亦向神宗哭诉“王安石乱天下”。神宗对变法也产生了怀疑，罢免了王安石的宰相职务，改任观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎超九转而径授吏部尚书之衔。
王安石罢相后，奏请神宗让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己，二人坚持王安石制定的成法。吕惠卿掌握大权后，担心王安石回朝，借办理郑侠案件的机会陷害王安石的弟弟王安国，又兴起李士宁案件来倾覆王安石。韩绛觉察到吕惠卿的用意，，秘密奏请召回王安石。
熙宁八年（1075年）二月，王安石再次拜相。同年，王安石《三经义》写成，加封为尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿外调为陈州知州。王安石复相后得不到更多支持，加上变法派内部分裂严重，新法很难继续推行下去。
熙宁九年（1076年），王安石多次托病请求离职。同年，长子王雱病故，王安石极度悲痛。十月，王安石辞去宰相，外调镇南军节度使、同平章事、判江宁府。次年，改任集禧观使，封舒国公。
元丰二年（1079年），再次被任命为左仆射、观文殿大学士，改封荆国公。
元丰八年（1085年），神宗去世，宋哲宗赵煦即位，改元元祐，由太皇太后。
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