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熙宁二年（1069年），苏辙上书论政事，即被神宗召见于延和殿。
当时，王安石为相，与陈升之管三司条例司，命苏辙入三司条例司。吕惠卿依附王安石，苏辙和他讨论时多有抵触。王安石拿《青苗书》让苏辙仔细议论，说：“有不便之处，就告诉我不必疑虑。”苏辙说：“把钱借给百姓，使出利息二分，本意是在救济百姓，不是求利。但出入之间，吏员趁机营私作奸，即使有法也不能禁止，钱到百姓手里，即使良民也不免乱花；到交还时，即使富民也不免超过期限。这样，就怕一定要鞭打催促，州县官的事不胜其烦了。唐代刘晏掌管国家财政，从没有借钱给百姓。有责怪他的人，刘晏说：‘让百姓侥幸得钱，不是国家之福；叫吏员靠法催督还债，对百姓不利。我虽然从不发放借贷，但四方的丰收和灾荒谷价的贵贱，从来能及时知道。有谷贱处就收购，有谷贵处就发售，所以四方没有太贵、太贱的弊病，岂用发贷款？’刘晏所说的，就是常平仓法。现在此法仍在而患在不整顿，你真能有意于百姓生计，就整顿实行，那刘晏的功绩可以立刻见效。”王安石说：“你的话有理，我当慢慢思考。”从此后一月之间都不谈青苗法。
被贬出京
苏辙
河北转运判官王广廉奏请发给度僧牒几千份作为本钱，在陕西转运司私自实行青苗法，春天发放秋天收还，和王安石意见相合，青苗法便开始实行。王安石派人去寻求尚未收取的财利。朝廷内外知道这些人一定会迎合王安石心意添加事情，都不敢说。苏辙去见陈升之说：“从前嘉祐末年，派官去抚恤各路百姓，但他们各人都务求滋生事端，回来所奏的大多不可实行，被天下人耻笑。现在和此事有何不同？”他又写信给王安石，竭力陈说此事之不可行。王安石发怒，将加罪，陈升之劝阻，于熙宁二年（1069年）八月被贬出外，任河南府留守推官。